Mac OS X の使用中、アプリケーション同士は Comannd+Tab で切り替えられるけど、アプリケーション内のウインドウもキーボードで切り替えたい！と思っていたんですが（特にCotEditor使用時）これはアプリケーション側でなくOS側に用意されている機能でした。
(10.9の場合[更新しました])
- システム環境設定 から キーボード > (タブ)ショートカット > (左のリストから)キーボード を選択する
- 「次のウインドウを操作対象にする」の欄に、お好みのショートカットを割り当てる
- 全Cocoaアプリケーションで、ウインドウの切替が同じショートカットでできる様に！！♡♡しかも、 shiftを押しながらだと逆方向に切替できます（→なので、shiftを含まないショートカットを設定すべし！）
僕は option+Tab にしました。 Command+Tab と並んでてわかりやすい。
ちなみにアプリケーションのショートカットとバッティングする場合、アプリケーション側が優先されるみたいでした。
同じグループの「一番手前または次のウインドウを操作対象にする」はアプリケーションの違いを無視して、全てのアプリケーションウインドウを順番に切り替えられるショートカットです。これも便利！